Hệ thống trường học của Hà Lan được mở rộng đến cho người Indonesia, hầu hết các trường có uy tín nhận trẻ em người Hà Lan và các trẻ em người Đông Ấn thuộc tầng lớp trên. Một tầng trường học thứ hai dựa trên cơ sở sắc tộc và có các trường riêng biệt cho người Đông Ấn, Ả Rập và người Hoa; các trường này giảng dạy bằng tiếng Hà Lan và theo chương trình giảng dạy của Hà Lan. Những người dân Đông Ấn bình thường được giáo dục bằng tiếng Mã Lai với chữ cái Latinh cùng các trường "kết nối" nhằm chuẩn bị cho các sinh viên người bản địa thông minh có thể vào học tại các trường dạy bằng tiếng Hà Lan.[39] Các trường học và chương trình hướng nghiệp đã được chính quyền Đông Ấn lập ra để đào tạo người dân bản địa vào những vị trí cụ thể của nền kinh tế thuộc địa. Người Hoa và người Ả Rập, chính thức được gọi là "người nước ngoài phương Đông", và họ không thể ghi danh vào các trường hướng nghiệp và trường tiểu học.[40]

Những người đã tốt nghiệp tại các trường của Hà Lan đã mở trường học của mình và phỏng theo mô hình của hệ thống trường học Hà Lan, cũng như những hội truyền giáo Ki-tô, hiệp hội Thần trí học, và các hiệp hội văn hóa Đông Ấn. Sự gia tăng số trường học này tiếp tục được nâng lên với các trường Hồi giáo theo khuôn mẫu phương Tây cũng đã xuất hiện các vấn đề thế tục.[39] Theo điều tra năm 1930, 6% số người Đông Ấn biết đọc biết viết, tuy nhiên, cuộc điều tra này chỉ công nhận số người tốt nghiệp từ các trường theo mô hình phương Tây và những người có thể đọc và viết một ngôn ngữ sử dụng bảng chữ cái Latinh. Điều tra này không bao gồm các sinh viên đã tốt nghiệp các trường không theo mô hình phương Tây hay những người có thể đọc song không thể viết tiếng Ả Rập, Mã Lai hay tiếng Hà Lan; hoặc những người chỉ có thể viết được các thứ tiếng sử dụng bảng chữ cái phi Latinh như Batak, Java, Hoa, hoặc Ả Rập.[39]

Một số cơ sở giáo dục bậc đại học cũng được thành lập. Năm 1898, chính quyền Đông Ấn Hà Lan đã thành lập một trưởng để đào tạo bác sĩ, được đặt tên là School tot Opleiding van Inlandsche Artsen (STOVIA). Nhiều người tốt nghiệp STOVIA sau đó đã đóng những vai trò quan trọng trong phong trào dân tộc của Indonesia hướng tới độc lập cũng như phát triển giáo dục y tế tại Indonesia, như bác sĩ Wahidin Soedirohoesodo đã thành lập hội chính trị Budi Utomo. Chính quyền thuộc địa Hà Lan đã thành lập De Technische Hoogeschool te Bandung vào năm 1920 để đáp ứng nhu cầu về kỹ thuật tại thuộc địa. Một người đã tốt nghiệp Technische Hogeschool là Sukarno, ông sau đó đã lãnh đạo Cách mạng Quốc gia Indonesia. Năm 1924, chính quyền thực dân lại tiếp tục mở một cơ sở giáo dục bậc đại học, Rechts Hogeschool (RHS), để đào tạo viên chức, công chức dân sự. Năm 1927, STOVIA đã trở thành một cơ sở cấp đại học đầy đủ và tên gọi của trường đổi sang Geneeskundige Hogeschool (GHS). GHS giữ tòa nhà chính tương tự và sử dụng cùng bệnh viện thực hành với Khoa Y của Đại học Indonesia ngày nay. Các mối liên hệ trước đây giữa Hà Lan và Indonesia vẫn còn có thể nhận thấy trong các lĩnh vực công nghệ như thiết kế công trình thủy lợi. Cho đến ngày nay, những ý tưởng của các kỹ sư thủy lợi thuộc địa Hà Lan vẫn tiếp tục gây ảnh hưởng mạnh trong thực tiễn thiết kế tại Indonesia.[41] Hơn nữa, hai trường đại học có thứ hạng quốc tế cao nhất của Indonesia, Trường Đại học Indonesia thành lập năm 1898 và Học viện Công nghệ Bandung thành lập năm 1920, đều được hình thành từ thời thuộc địa.[42][43]

Các cải cách giáo dục, và cải cách chính trị khiêm tốn, đã khiến một bộ phận nhỏ những người Indonesia bản địa ưu tú có học vấn cao đã thúc đẩy ý tưởng độc lập và thống nhất "Indonesia" cùng với các dân tộc bản địa khác nhau tại Đông Ấn Hà Lan. Một giai đoạn gọi là Phục hưng Quốc gia Indonesia, nửa đầu thế kỷ 20 đã chứng kiến phong trào quốc gia phát triển mạnh mẽ, nhưng cũng phải đối mặt với sự đàn áp của Hà Lan.[11]